L’État du Japon forme, dans l’Est de l’Asie, un archipel de 6 852 îles de plus de 100 m² sur plus de trois mille kilomètres de long, face à la Russie (îles Kouriles), Taïwan, la Corée et la Chine. Quatre de ces îles du nord au sud, Hokkaidō (79 000 km²), historiquement peuplée par les Aïnous, Honshū (227 000 km²) la plus grande et la plus peuplée avec 105 millions d’habitants, Shikoku (18 000 km²) qui est l’île de la mer intérieure et Kyūshū (36 000 km²) représentent l’essentiel d’un territoire de 377 944 km^2.

Les autres îles de l’archipel sont plus petites, notamment dans la préfecture d’Okinawa. Naha, sur l’île Okinawa Hontō dans les Ryūkyū (archipel Nansei), est située à plus de six cents kilomètres au sud-ouest de Kyūshū. Au sud de Tokyo, l’archipel des Nanpō s’étire sur plus de mille kilomètres jusqu’à Iwo Jima.

Au nord, Sakhaline et les îles Kouriles qui s’étendent à plus de mille deux cents kilomètres au nord-est de Hokkaidō, annexées par la Russie quelques jours après la défaite du Japon face aux États-Unis en août 1945, sont parfois considérées comme les points extrêmes de l’archipel. Du fait des zones économiques exclusives, le pays revendique  un territoire maritime de 4,5 millions de km², multipliant sa superficie par douze.

Le Japon est scindé, d’un point de vue géographique et non pas politique, en huit régions (voire neuf, si la préfecture d’Okinawa n’est pas incluse dans celle de Kyūshū) qui sont du nord au sud : Hokkaidō, Tōhoku, Kantō, Chūbu, Kansai (couramment appelé Kinki), Chūgoku, Shikoku et Kyūshū. La région du Chūbu est parfois décomposée en trois régions : la région du Hokuriku sur la côte nord-ouest, la région du Kōshinetsu à l’est et la région du Tōkai au sud. Les limites de ces dernières ne sont cependant pas fixées avec précision.